金属电极的设计对等离子清洁功效有显著干扰，主要包括金属电极的材料、布局和尺寸。对于内金属电极等离子表面处理器，由于金属电极暴露在等离子中，某些材料的金属电极会被某些等离子蚀刻或溅射，引起很多不必要的环境污染，致使金属电极尺寸的变化，从而干扰等离子清洁系统的稳定性。

等离子清洁功效会伴随着输出功率的提升而持续改善，当主要是物理的作用时，应减低压力，提升离子能量。当主要是化学作用时，应提升一些压力，以确保反应的气体的浓度。较小的金属电极间距可以将等离子限制在狭窄的区域，从而获得更高密度的等离子，实现更快的清洁。伴随着间距的提升，清洁速度逐渐减低，但均匀性逐渐增强。金属电极的尺寸通常决定等离子系统的总体容积。