等离子表面处理机在清洗过程中配合不同的气体，其清洗残留物脏污效果也有很大差异。其中常用的一种气体是惰性气体氩气(Ar)，真空设备清洗过程中与氩气配合往往能有效地去除表面纳米级污染物。

等离子表面处理机，若要加强蚀刻作用，可以通入氧气(O2)，可以有效地去除有机污染物，例如光刻胶等。还有些氢气(H2)可与其他较难去除的氧化物结合使用，一般会选择氢氮混合气体(95%的氮和5%的氢气结合)。

使用为广泛的气体是氮(N2)，其生产成本低。该气体主要与在线式等离子表面处理机技术相结合，用于材料的表面活化改性。在真空环境下也能使用。氮(N2)是改善材料表面浸润性能很好的气体。

此外，还存在与四氟化碳(CF4)、六氟化硫(SF6)等类似的特殊气体，等离子表面处理机使用这些气体对有机物的蚀刻和去除作用更为显著。但是这些气体的使用前提是必须具有很好的防腐蚀的气路结构，另外自身必须戴上防护罩和手套才能正常工作，虽然说不会有什么危险但是防护还是要做足的。